Ezek olyan bioaktív vegyületek (például rövidláncú zsírsavak, enzimek, aminosavak), amelyeket a probiotikumok termelnek, miközben a prebiotikumokkal táplálkoznak. Ezek a vegyületek felelősek a pro-biotikumok számos jótékony hatásáért. A széles spektrummal rendelkező bélflóra a ,méregtelenítés 50%-át képes elvégezni, tehermentesítve ezzel a kiválasztó szerveket.